Sabsem, Для первой "рабочей" версии Вы, судя по логу, редактировали dll.conf, выбрасывали поддержку "лишних сканеров". Сейчас это сделали? Та версия позволяла делать повторное сканирование? saned завершал работу после отсутствия запросов, если был запущен черз xinetd? Последняя версия это делает, если сканировать один раз?
Если Вы снесли libusb - попробуйте поставить обратно, маловероятно, но может быть дело в этой библиотеке. Если не сносили - снесите сейчас.
Если сканировать два раза в последней версии с выводом debug лога, есть ли подозрительные строки в логе?
Что с потреблением памяти после первого сканирования, при попытке второго сканирования, cpu?
С флагом -9 снять saned пробовали? (killall -9 saned) или (kill -9 <pid_of_saned>).
Вопросов у меня много, но, пожалуй, выложу именно последнюю версию в репозитарий. От "первой рабочей" она отличается тем, что пути к библиотекам пробиты прямо в исполняемых файлах. Влиять это не должно. Ну еще может libusb - или версия из прошивки используется, или та, что из пакета.
На мой взгляд и предыдущая версия должна бы работать, вы просто забыли dll.conf отредактировать.
PS На всякий пожарный - тут http://sanetwain.ozuzo.net/ пишут, что saned зависает, если отменить сканирование. Можно еще увеличить время в настройках - [Connection] TimeOut. Другие способы сканирования (не sanetwain) из под windows не пробовали?